Trong số các Nho sĩ được Tuyên Tổ trọng dụng thì Thẩm Nghĩa Khiêm (沈義謙) và Kim Hiếu Nguyên (金孝元) là hai nhân vật được nhà vua sủng ái nhất. Thẩm Nghĩa Khiêm là một cận thần của Nhân Thuận Vương hậu, nặng về bảo thủ; còn Kim Hiếu Nguyên lại là lãnh đạo của tầng lớp quan lại có đầu óc đổi mới và kêu gọi những cuộc cải cách. Các Nho sĩ của Tuyên Tổ bắt đầu phân chia thành hai Đảng phái, đứng đầu bởi họ Thẩm và họ Kim. Những thành viên của hai phe sống xen lẫn trong cùng một khu vực. Nhóm của Thẩm Nghĩa Khiêm sống ở phía Tây kinh thành trong khi những người của Kim Hiếu Nguyên tập hợp ở phía Đông. Do đó, hai phe bắt đầu được gọi là phái Tây Nhân (西人黨) và phái Đông Nhân (東人黨); hệ thống của hai phe này kéo dài 400 năm đã góp phần vào sự sụp đổ của nhà Triều Tiên.

Ban đầu, phái Tây Nhân nhận được những đặc ân của nhà vua, kể từ lúc Thẩm Nghĩa Khiêm theo Nhân Thuận Vương hậu và cũng đã có được sự ủng hộ từ những đại quý tộc. Tuy nhiên, các cải cách của phái Đông Nhân đã giúp họ đoạt được ảnh hưởng và loại dần phái Tây Nhân ra khỏi quyền lực. Thời gian đầu, những cải cách của phái Đông Nhân phát triển nhanh chóng để lấy ảnh hưởng; nhưng sau đó nhiều người trong phái Đông Nhân bắt đầu yêu cầu những người khác kìm hãm các cải cách. Phái Đông Nhân lại một lần nữa được tách thành phái Bắc Nhân (北人黨) và phái Nam Nhân (南人黨).

Liễu Thành Long (柳成龍), người lãnh đạo phái Nam Nhân, trong khi phái Bắc Nhân thậm chí còn bị chia cắt nhiều hơn nữa sau khi không đồng nhất ý kiến qua nhiều vấn đề; phái Đại Bắc Nhân là phái tả cực đoan về vấn đề cải cách, trong khi phái Tiểu Bắc Nhân trở nên ít có đầu óc cải cách hơn so với phái Đại Bắc Nhân, nhưng vẫn còn hướng cải cách hơn phái Nam Nhân.

Những thiên hướng chính trị đã làm cho đất nước suy yếu đi, vì số lượng binh lính phục vụ quân đội cũng là một trong số những vấn đề của cuộc cải cách. Lý Nhị, một người bảo thủ trung lập đã đề nghị nhà vua tăng số lượng quân lính để chống lại những cuộc xâm lược của Nữ Chân và Nhật Bản trong tương lai. Tuy nhiên, cả hai phe đều bác bỏ các đề xuất của Lý Nhị, và số lượng quân đội đã được giảm khá nhiều vì đa số mọi người đều tin tưởng rằng nền hòa bình sẽ còn kéo dài. Mãn Châu và Nhật Bản đã nhân lợi dụng cơ hội này để mở rộng ảnh hưởng ở Đông Á, dẫn đến Cuộc chiến tranh Bảy năm, nền tảng của nhà Thanh ở Trung Quốc mà cả hai việc này đều sẽ dẫn tới sự tàn phá trên bán đảo Triều Tiên.